選擇結(jié)晶器時，要全面考慮許多因素，例如：所處理物系的性質(zhì)，希望晶體產(chǎn)品的粒度及粒度分布范圍，生產(chǎn)能力的大小，設(shè)備費和操作費，等等。可見問題比較復(fù)雜，沒有簡單的規(guī)則可循，在很大程度上要憑實際經(jīng)驗。費用和占地大小也是需要考慮的重要因素。一般來說，連續(xù)操作的結(jié)晶器要比分批操作的經(jīng)濟些，尤其產(chǎn)率大時事這樣。如果生產(chǎn)速率大于1(t/d),用連續(xù)操作較好。蒸發(fā)式和真空式結(jié)晶器需要相當(dāng)大的頂部空間，但在同樣產(chǎn)量下，他們所占地面要比冷卻臥式結(jié)晶器小得多。
有些簡單的冷卻式結(jié)晶器，尤其敞槽式的，造價比較便宜，但冷卻式機械結(jié)晶器（例如長槽攪拌式）的造價卻相當(dāng)高，他們的維修費也相當(dāng)可觀。另一方面，機械結(jié)晶器不需要昂貴的產(chǎn)生真空的設(shè)備。冷卻式結(jié)晶器的另一缺點是他們的傳熱表面與溶液接觸的一面往往有晶體聚結(jié)成晶疤，與冷卻水接觸的一面又容易有水垢沉淀，其結(jié)果是既降低冷卻效率又增加除疤除垢的麻煩。這類麻煩問題在蒸發(fā)式結(jié)晶器中也會遇到。至于真空式結(jié)晶器，他們沒有換熱表面，所以沒有這類麻煩，但他們不適用于沸點升高得很多的溶液，例如燒堿溶液的結(jié)晶。
